上海台灣研究所常務副所長倪永傑接受香港中通社訪問時說，對國民黨而言，「九合一」選舉結果不會改變其兩岸政策大方向，但會做些策略的調整，甚至放緩開放步伐。
倪永杰表示，對民進黨而言，這次選舉大勝後，將削弱調整兩岸政策的動力，是外界的普遍看法。
他說，2016年台灣總統大選，台灣民眾特別是中間選民，一定會對兩黨的兩岸政策嚴格檢視，屆時民進黨現有的台獨及拒絕九二共識的立場，一定會受到挑戰。
中國社科院台灣研究所研究員王建民則認為，相形之下，2016年的台灣總統大選對兩岸關係影響更大。而民進黨這次獲勝，調整兩岸政策的壓力就會變小，但到總統大選時，民進黨和蔡英文的兩岸政策仍存在劣勢。
報導引述未具名分析人士說法指出，民進黨這次大勝，預示未來一段時間內民進黨的強勢及馬政府的弱勢。對此，大陸需要研究加強與民進黨發展關係，穩固與國民黨、民進黨的三角關係。
至於大陸如何看待台北市長當選人柯文哲，倪永杰說，柯文哲贏的幅度非常大，「可能會強化內心的台獨立場」。先前，台北與上海有非常好的交流狀態，而柯文哲可能不公開喊台獨，但不承認「九二共識」，還是會對城市交流和兩市「雙城論壇」造成影響。
王建民則認為，雖然柯文哲一直對「九二共識」含糊其辭，但他曾多次前往大陸，「打著中間旗號」，雖比不上藍營對兩岸關係的友善，但比綠營處理兩岸關係更務實。未來，兩岸城市間交流可能出現一些波折，但對兩岸關係的整體影響比較有限。