史上規模最大的「9合1」選舉結果底定，民進黨大舉北攻成功，國民黨只保住6個現有的執政縣市，包括新北市、苗栗縣、新竹縣、南投縣、台東縣與連江縣，選情相當慘烈。
身兼國民黨主席的馬英九總統29日晚間7時多抵達國民黨中央觀看開票結果，並在晚間9時多舉行記者會，一開始便率領黨內主管向所有黨員與支持者鞠躬致歉，並表示行政院長江宜樺與國民黨秘書長曾永權已向他請辭，他也已經同意。
馬英九說，國民黨在這次選舉遭遇極大挫敗，「讓大家失望了」，人民透過這次選舉傳達的聲音他也都聽到了，此時他的責任就是盡快提出改革方案，回應人民的訴求，他不會迴避任何責任。他並強調國民黨不會輕易被擊倒，過去沒有、現在也不會，希望大家擦去淚水，繼續為國民黨與國家奮鬥。
馬英九強調，支持者一定會對選舉結果感到失望、甚至徬徨，但國民黨沒有悲觀的權利，更沒有徬徨、失落的空間，國民黨必須更加堅定團結，代替動搖與懷疑，以對國家的信念代替失望與悲觀。
馬英九說，國民黨很快就會面對更艱難的挑戰，沒有時間沮喪，必須忍辱負重、真誠改革，揭示選民的鞭策，才能撥雲見日。他並強調，此時此刻要展現台灣人的沉著、氣魄與堅持，國民黨會繼續讓國家勇敢向前、開放，攜手同心繼續為國民黨、為國家而努力。他說：『(原音)唯有忍辱負重、真誠改革、團結一致、勇往直前，更努力去達成選民的付託，更謙卑地去接受選民的鞭策，展現真心誠意，才能眾志成城，才能夠真正的撥雲見日，讓陽光再度灑向藍天大地。』
馬英九特別感謝朱立倫、徐耀昌、邱鏡淳、林明溱、黃健庭、劉增應為黨內贏得勝選，他並安慰其他落敗的同志不要氣餒，因為他們的努力耕耘會留下痕跡、結出果實。
馬英九並呼籲勝選的對手放下選戰間激烈的對立，讓國家利益超過個人與政黨的意識，共同為國家打拚。