國民黨主席馬英九在晚間7時多抵達國民黨中央觀看開票結果，並在晚間9時多舉行記者會。馬英九一開始便率領黨內幹部向所有支持者鞠躬致歉。馬英九表示，行政院長江宜樺與秘書長曾永權已向他請辭，他也已經同意。馬英九則並未表示要辭去黨主席一職。
馬英九說，這次國民黨遭遇極大挫敗，選民透過這次選舉傳達的聲音他都聽到了，此時最重要的是提出改革方案，回應人民的訴求，他不會迴避任何責任。他並強調國民黨不會輕易被擊倒，過去不會、現在也不會，他希望大家擦去淚水，繼續為國民黨與國家奮鬥。
馬英九並呼籲對手放下選戰中的對立，讓國家利益超過個人與政黨，共同為國家打拚。