陳佩琪在北市聯醫擔任小兒科醫師，若柯文哲當選，遭外界懷疑會有利益回避問題。
陳佩琪下午受訪時表示，她在民國100年因為肺腺癌開刀後，體力大不如前，加上小兒科醫師不足，上年紀的醫師也必須輪值耗體力的基層工作，早有從聯醫退休的念頭。
陳佩琪說，早在102年，柯文哲還沒打算參選前，她就已經提出退休申請，擁有104年的退休資格。若柯文哲當選台北市長，成為聯醫的大長官，她不喜歡被人說三道四，離開聯醫的念頭會更堅定，屆時會考慮退休；若柯沒當選，她再做其他打算。
她表示，在聯醫工作了27年，已經習慣當醫生的生活，閒在家裡會待不住，若退休應該會去其他醫院工作，等選後會再來思考這些問題。
陳佩琪也說，其實她也有點心理不平衡，為什麼有人說她會干政，理由到底是什麼？她下班回家都累癱了，根本沒力氣干涉柯文哲的事，連姚立明當競選總幹事，都是看新聞才知道。
柯文哲晚間前往忠孝東路的SOGO復興館前拜票，受訪時才從媒體提問時得知，陳佩琪已經在102年提出退休申請，笑說「已經有預謀了」。
媒體詢問，認為若當選，陳佩琪有必要離開聯醫嗎？柯文哲表示，他覺得不用，平常心、自然，依法行事就好。他知道陳佩琪不喜歡值班，50幾歲還要值大夜很辛苦，回去再跟陳佩琪討論看看。