國民黨台南市長候選人黃秀霜選情不樂觀，身兼國民黨主席的馬英九總統近來多次南下為她站台輔選，每次砲火都相當猛烈，除了抨擊賴清德執政績效差，多項調查都居五都之末外，也要求賴清德針對兩岸服務貿易協議與自由經濟示範區等議題表態，否則就是不顧民生。對於馬英九的批評，賴清德每次都反擊，兩人多次隔空交戰。
在馬英九於25日、26日再度南下為黃秀霜輔選之前，賴清德呼籲他展現總統的高度，不要只是批評台南。他說：『(原音)我們當然也希望馬總統能夠對台南多關心、多鼓勵、多照顧、多支持，而不是每一次下來盡是一些批評、抹黑、扭曲，這對整個台南市民來講，這是非常難堪、非常不公平的。我們希望最後幾天能夠看到馬英九展現他總統的高度，能夠進一步贏得我們台南市民的尊敬。』
馬英九25日晚間將陪同黃秀霜前往人潮擁擠的大東夜市拜票，賴清德說，他已交代警察局要做好維安工作，希望這場選舉能夠平安順利。