數獨遊戲據稱源自拉丁方陣（Latin Square），1970年代在美國被稱為「數字拼圖」（Number Place）。1984年日本Nikoli發行益智遊戲雜誌，Nikoli社長鍜治真起將這種遊戲命名為「數獨」，意指每一格單獨的數字。
日版數獨在2004年左右傳到英國後，引爆全球大流行。Nikoli後來將「數獨」登記為專利商標，也成為日本數獨題庫的權威。
Nikoli公司為慶祝「數獨」長銷30年，最近將位於東京都台東區的一樓辦公室，開闢為咖啡館兼商品展示店，店裡除提供各種數獨題目外，還有填字遊戲、蟲蛀算式、益智積木等超過300種益智遊戲，每逢週六、週日還會舉辦益智遊戲講座，被譽為「數獨之父」的Nikoli社長鍜治真起也會舉辦演講。11月1日開幕當天，吸引許多數獨玩家到場，十分熱鬧。