馬總統13日接受日本經濟新聞專訪，日經新聞詢問，馬總統表明支持香港民主化抗議活動的民主派，中國大陸領導人習近平再度強調台灣與香港一體適用「一國兩制」，在台灣引起高度反彈，馬總統是否認為這對兩岸交流會有不好影響？
馬總統表示，從9月間開始，他提出有關香港人民爭取特首（香港特別行政區行政長官）普選事件立場以來，態度一貫，台灣支持香港人民爭取特首普選民主訴求，但用什麼方法達成訴求，要看香港當局與人民透過和平理性方式達成共識。
馬總統說，1982年前中國大陸領導人鄧小平提出「一國兩制」主張，當初是為台灣設計，但前總統蔣經國當時就表明無法接受，幾十年來，「我們的看法也都沒有改變」。
馬總統表示，在這次亞洲太平洋經濟合作會議（APEC），前副總統蕭萬長與中國大陸領導人習近平會面，雙方強調兩岸已達成以九二共識做為推動雙方關係基礎，重新回到過去6年來，政府一再主張以九二共識做為推動兩岸和平發展基礎，這樣的基調非常正確，也會得到台灣民眾支持。
談到中國大陸在東海及南海不斷地擴張勢力，台灣如何因應？馬總統說，過去幾年中國大陸在東海、南海有些新做法，引起周邊國家與地區關切。他兩年前提出東海和平倡議，是東海緊張情勢升高的重要回應，希望相關國家與地區停止升高緊張情勢，透過和平與理性對話達成協議。
馬總統表示，當初的構想是希望中華民國、日本及中國大陸，以3個雙邊方式協商，時機成熟時再變成1個三邊協商。
馬總統說，政府去年與日本簽署台日漁業協議，跨出重要一步，顯示出東海和平倡議確有幫助區域和平；這次在APEC，日本與中國大陸也跨出一步，儘管這一步不是那麼大，但相對這兩年緊張對立，他覺得這方向值得肯定。
馬總統表示，南海其實比東海情況更複雜，處理原則應一樣，擱置主權爭議，致力資源開發與共享，希望中華民國在這個基礎上參與解決南海問題，做出應做的貢獻。