由於旅客進出站及轉乘動線與先前已營運車站不同，松江南京站是「松山新店線」與「中和新蘆線」轉乘站，松山新店線月台層為「側式月台」，中和新蘆線月台層為「島式月台」。
「側式月台」松山新店線，松山與新店的搭車月台互不相通，台北大眾捷運股份有限公司首次將「禁止標誌」納入指標中。
捷運公司舉例，要往松山方向的旅客，一定要選擇有「松山」指標的閘門、電扶梯、電梯、樓梯及月台，如果看到「松山」上頭有禁止標誌，則千萬不要再繼續走，否則須繞一大圈才能到達正確月台。
如果不小心走錯，民眾須往下到中和新蘆線月台，找到貼有「松山」指標，再依指標方向轉換樓梯、電扶梯（電梯）或往上到詢問處請站務人員協助。