水頭客運中心總工程預算共新台幣18.7億元，預計興建地下1層、地上3層的旅運大樓；經過國際競圖，由日本石上純也建築設計事務所和台灣九典聯合建築師事務所合作設計。
設計團隊最近向金門縣政府工務處、金門縣港務處、衛生福利部疾病管制署，以及PCM誠蓄工程顧問公司說明前置整體規劃設計進度。
縣府表示，本案基本核心價值在於各類車輛順暢地與客運中心銜接，同時能滿足停車需求；務必讓所有出入境旅客的通關動線保持流暢、舒適，證照查驗、證件辦理、落地簽等空間都足以服務往來旅客，讓旅客開心體驗金門水頭客運中心。
縣府估計，水頭客運中心新大樓1年可服務350萬到500萬人次旅客，同時也能讓旅客從景觀綠屋頂公園遨遊，感受海港風情與戰地風光，是一處兼具交通便利、休閒旅遊和獨特意象的新景點。工務處期待本案成為金門國際新門戶，也是大型特殊景觀地標。