台北捷運公司表示，松江南京站是「松山新店線」與「中和新蘆線」的轉乘站，其中松山新店線月台層為「側式月台」，中和新蘆線月台層為「島式月台」。
所謂島式月台就是「軌道在月台的兩邊」，北捷高運量系統多數的車站月台均屬此類，而側式月台是「軌道在中央，月台在軌道左右兩側」，如果往來兩月台，必須利用行人天橋、地下道或車站大廳。
捷運公司表示，在松江南京站轉乘秘訣就是「跟著指標走」，以「松山新店線」為例，要往松山方向的旅客，必須選擇貼有「松山」指標的閘門進站；選擇貼有「松山」的電梯、電扶梯或樓梯至B2第三月台；往新店方向的旅客也一樣，跟著貼有「新店」的指標行動。
為了加強標示，北捷首度納入「禁止標誌」，民眾看到「松山禁止」或「新店禁止」的標誌，就要停下腳步，重新確認、選擇方向。
走錯了怎麼辦？捷運公司說，一樣還是「跟著指標走」，往下到中和新蘆線月台，找到貼有「松山」或「新店」的指標，依指標方向轉換樓梯、電扶梯（電梯）即可抵達，也可往上到大廳請站務人員協助。
若是松山新店線轉乘中和新蘆線的旅客，一樣跟著欲前往「目的地」的方向行動，就能降低走錯機率。