辯論由三立電視股份有限公司舉辦、轉播，主持人為三立總編輯陳雅琳，進行方式依序為參選人申論、6公民團體續提問，參選人交叉詰問1次後，做最後結論。辯論結束後，雙方陣營於三立電視台舉行會後記者會。
兩名參選人身高落差大，三立電視台為連勝文打造身高194公分高用講台，也會為柯文哲準備20公分以上墊子墊高。
辯論時，各陣營幕僚入場人數以不超過15人為限，幕僚不可穿競選背心，也不能拿道具和舉牌，且不可發出任何聲音與肢體動作干擾。
連勝文的15人名單，包括太太蔡依珊、台北市長郝龍斌、Working Stay寧夏夜市商圈總幹事林定國、宏立機車行老闆沈鳳雲與Home Stay成功國宅里長石忠勝等人。
柯文哲陣營入場人員，包括前台北市副市長白秀雄、前新北市政府環境保護局長鄧家基、前新黨國民大會代表曲兆祥、公民顧問團長紀政，還有應徵柯文哲陣營選舉監察員的3名民眾。
提問的公民團體由雙方陣營各推薦3組，連勝文陣營為台北市青年創業會輔導理事長江梅、台灣防暴聯盟理事長張錦麗及台灣競爭力論壇理事長彭錦鵬。
柯文哲陣營推薦公民團體為中華民國專業者都市改革組織秘書長彭揚凱、台灣勞工陣線協會副理事長廖蕙芳和主婦聯盟環境保護基金會秘書長賴曉芬。
辯論準備方面，連勝文陣營辯論組長李猶龍表示，近期都在模擬特訓辯論會，連勝文最近兩天也多利用零碎空檔時間準備，像坐車時就會勤看講稿，且都是連勝文親寫內容，準備上更熟稔、順手。不過，連勝文仍需加強手勢方面肢體動作。
柯文哲說，準備辯論就像聯考，「只有更好沒有最好」，昨天把握時間加緊演練；柯文哲陣營新聞部主任林鶴明說，柯文哲準備辯論「像臨時抱佛腳」，由幕僚擬出以市政議題為主的「題庫」，因應公民團體可能提出的問題，申論跟結論將談參選價值與理念。