邱義仁約下午2時赴台灣高等法院開庭，對於遭檢方起訴一事，是否感到冤屈？他拱手致意，只說「謝謝」。 蔡明憲出庭前，在走廊與邱義仁分邊坐著，十分低調。
全案因涉及機密，不公開審理。
全案緣於最高檢察署特偵組偵辦扁案後，為追查公文佚失，曾搜索邱義仁的住家，在他家中查扣多份文件，其中有1份文件，為軍事機密文件，因此案件移由有管轄權的台灣高檢署偵辦。
據了解，邱義仁到案時表示，這只是普通公文並非機密文件。
檢察官調查，這份密件交付者為時任國防部長的蔡明憲，他因不認為涉及機密，且與時任行政院副院長邱義仁有業務往來，因此予以交付。
檢方調查，邱義仁在調任其他職位時，均帶著慣用的桌子，桌子後來也搬回家裡，這份密件是在邱義仁慣用的桌子抽屜找到，這份文件上頭有蓋「密」字，屬軍事機密文件。
台高檢認定蔡、邱觸犯國家機密保護法，今年8月起訴。