環保署長魏國彥日前在立法院社福衛環委員會答詢時，表示預計12月中旬開始徵收水污費，並分階段實施，第一階段將先徵收大企業的水污費。不過，媒體報導指出，行政院認為此事所涉範圍廣大，不宜貿然開徵，還需更多討論，且沒有時間表；加上紡織業界也強烈反對，因此，要在9合1選舉前開徵水污費恐充滿變數。
對此，魏國彥5日在立法院受訪時表示，環保署會尊重立法院的主決議，爭取在今年度開徵水污費。魏國彥說：『(原音)我們尊重立法院的主決議，在今年以前、在這個會計年度以前徵收，這是我們可以做的，署裡面可以做的、應該做的方向。』
媒體詢問魏國彥是否擔憂年底前開徵水污費會影響選舉？魏國彥說，他並未聽聞行政院對開徵水污費政策有疑義，環保署的立場就是一切依照程序繼續進行，期望爭取在11月進行開徵水污費的各項辦法公告等法制作業，若辦法公告後，各方仍有疑義，將報請行政院評估。