剝奪不法所得部分，她說，「沒收」是從刑的一種，須有罪責才能處罰。
中國國民黨籍立法委員廖正井在立法院司法及法制委員會質詢時表示，司法院和法務部為何在食安法修法意見不同？
法務部次長蔡碧玉答詢答詢說，行政院版草案兩大重點是要解決「一事不兩罰」爭議，及徹底剝奪法人不法所得。
她舉大統長基食品廠股份有限公司案為例說，行政機關先裁處新台幣18.5億元，法院後判處併科罰金3800萬元，大統長基訴願使18.5億元行政裁罰遭撤銷，引發民眾質疑。
蔡碧玉表示，如果法人處罰要在刑事罰金和行政罰鍰二選一，依經驗和實際操作觀察，優先適用行政罰鍰會較快，裁罰後可立刻執行，透過刑事定讞則會拖得較久。
剝奪不法利得方面，她說，行政院版草案設計檢察官可單獨沒收法人不法利得，並可扣押法人財產。
蔡碧玉舉大統長基和富味鄉食品股份有限公司案為例表示，法院都沒宣告沒收資產，理由是法人沒犯罪行為能力，不符中華民國刑法沒收條件，人民恐怕無法接受，才在食安法部分條文修正草案增列對法人不法利得宣告沒收。