主導基北區的十二年國教入學方案的台北市教育局，目前仍堅持把從量尺分數修改而來的「會考總積分」放在第四順位，但教育部認為這會造成分分計較局面，認為這項措施已經違反法條與框架，首先將它退件。結果教育局近日又將一模一樣的提案送到教育部，教育部同樣以「適法性有問題，不能備查」。現在其他就學區都已定案，即將公布，只剩基北區還沒有下落。
教育部國教署長吳清山回應，教育部將持續與基北區溝通，希望新法案能以適法與合理為前提。吳清山強調，量尺分數是在最後比無可比的狀態才能執行。
近日由行政院出面協商，但看來台北市教育局絲毫不肯讓步。現在是因第四順位的量尺分數造成這次僵局，吳清山已與台北市教育局長林奕華談過。吳清山表示，在10月31日前會有結果，如沒有結果將造成後續公布招生條例上會出現困難。
什麼是會考總積分呢？北市教育局解釋，會考總積分是以各科計分基準（十量尺）加總點數計算而得。在超額比序順次上，列為第四順次。教育局也依教育部要求，將十量尺列為各項比序都同分時，最後採用之超額比序項目，以回應各方代表對於比序計分公平之期待。 因為現行規定是先比三等第，如此一來，可能因比序科目的順序，造成答對題數較少，僅單科分數較高的學生，率先將答對題數較多，但單科分數較低的學生一腳踢下。明年，超額比序的第一順位是先比總積分（含國中會考成績換算的積分、多元學習表現、志願序），第二是多元學習表現，第三是國中會考，第四即是會考總積分，接著依序比標示、志願序、作文、量尺。如此一來，即能保障分數較高的學生優先選校的權利。