媒體報導，馬英九政府為了討好大陸，將中科院生產的多項攻擊性武器生產喊卡，或是大量砍單。對此，國防部表示報導並非事實。
根據網路媒體《風傳媒》報導，馬政府為緩和兩岸關係，中科院研發多項具有「境外作戰」的攻擊性武器裝備都被「暫時性的凍結」，除了中科院研發準備量產的雲峰中程飛彈喊停之外，由經國號戰機（IDF）掛載，射程長達200公里的「萬劍彈」，2015年起量產數量也被大砍2/3；加上雄二E增程型的巡弋飛彈也是只研發不量產，被質疑有違提昇國防自主發展能力的政策。
國防部28日表示，目前相關專案任務均依計畫期程管制執行，媒體報導內容並非事實。國防部指出，中科院各項武器系統研發，均依據「防衛固守、有效嚇阻」之戰略指導，以建構「固若磐石」的國防武力及自主國防為目標。
國防部進一步表示，已於昨日發布新聞稿說明，國軍所有建軍備戰工作均戮力推動，中科院也持續進行武器系統關鍵技術的研發與裝備量產，不會自我設限，亦不會受到外界任何的影響。國防部會以「計畫等預算」原則，審慎評估所需要的武器裝備及籌獲方式，以提升自我防衛能力。