費鴻泰2日在立法院質詢審計長林慶隆關於台灣大學醫學院附設醫院醫師、無黨籍台北市長參選人柯文哲MG149私帳問題。
審計部17日行文向費鴻泰說明後續調查狀況指出，MG149私帳部分，柯文哲是否私設帳戶以收受醫院採購廠商捐款，並直接匯入台大葉克膜小組醫務秘書劉如意帳戶，「台大醫院尚無資料可稽查」。另外，媒體報導，劉如意的MG149帳戶資料，檢調機關已調查偵辦。
費鴻泰上午在立法院回應媒體提問表示，「非常不滿意」審計部說明，審計部就像主計系統的檢察官，掌管內控內稽。有人在政府單位辦公室使用政府資源，收不當的錢，用私帳管理，審計部卻說只查公帳，就像警察局有筆帳專收八大行業，審計部說管不到，這樣如何管控？
他說，審計部要求台大醫院主動提供 Q&A（問答集），讓台大醫院提出問題和回答，以利審計部向社會說明，「請問審計長，有沒有這回事？」
費鴻泰表示，他覺得審計部包庇，「真的愧對國人期待」，有護航之嫌、推諉，必須向社會大眾說明私帳到底怎麼回事？不要再與台大醫院串證。