為落實政府積極處理食安問題的決心，馬英九總統20日召開第二次國安高層會議，請行政院報告「強化食安八項措施」執行進度，以及行政院「食品安全辦公室」的籌辦情形。總統裁示，「食安辦」應儘速完成人力調派及運作，政府要藉此機會痛定思痛，化危機為轉機，全面檢視我國食品供應網，確實做好食品安全的把關工作。未來也將不定期針對食品安全問題召開國安高層會議，密切掌握行政部門的處理成效。 府方指出，此次劣質豬油事件重創食品產業，預估受衝擊的產值達166.6億元，顯見此一事件已是國安問題。總統於10月13日第一次主持國安高層食安會議時，指示國安單位全力蒐報食安預警情資及發掘不法案源。
國安局已於10月16日偕同警政署、調查局成立「預警會報」，於2周內先期蒐整食安問題檔案及檢舉資訊，主動提供行政院「食安辦」參考；遇有跨轄偵辦情形，將轉「食安辦」協請高檢署派駐之檢察官負責協調偵辦。該會報也將納入海巡署、移民署及憲指部等機關成員，以利統合發揮國內、國境、境外及海域之黑心食品查緝能量。
此外，國安局也規劃編成專案情報及聯合應處中心的架構，負責食安預警情資之統整、建言、篩濾及成效管考，未來遇到重大食安案件，將立即將情資通報給權責機關。總統並指示警政署規畫專案，全力清查國內食品相關地下工廠，在一個月內清查完畢。 行政院報告指出，各地檢署截至103年10月17日的偵辦查扣情形，計有台北、彰化、嘉義、台南及高雄等5個地檢署，共收押禁見16人，查扣頂新、永成、久豐、鑫好及正義等5家公司的廠房、機具、不動產，以及相關銀行帳戶存款等，另查扣魏應充等5名負責人或涉案人的銀行帳戶存款、股票、車輛、不動產等，以防脫產。
市售99%豬油已清查完畢、植物油10月31日前完成清查
此外，行政院長江宜樺也說明，在強冠事件後，即指示衛福部針對資本額3千萬元以上的食用油脂工廠進行全面查察，除已遭停業處分之4家外，其餘油脂製造業者共23家，截至103年10月18日止，在豬油部分，除強冠、正義公司之外，南僑及統清公司均已完成清查，目前市面上99%豬油供應均已查核完畢，尚無不合格之廠商；至於植物油部分，均將於10月31日前完成清查。 在業者自清部分，食品產業界為重建國人信心，日前發起自清行動，如台灣區植物油製煉工業同業公會即在103年10月17日召開記者會，聲明絕對遵守國家法規，生產純正安全油品，絕不摻混工業用、飼料用油及違法添加劑供消費大眾使用，保護消費者權益。對此，總統也表示樂見，並盼望其他業者跟進。 行政院於會中也針對油品分流管理的進度提出報告。對於工業油脂進口部分，經濟部工業局擬訂「進口工業用油脂證明作業要點」草案，預定10月底完成公告。同時對於稅則列號1518的油脂貨品限制進口，也在今（20）日正式公告，並自即日起生效。此外，因應本次事件，行政院也立即檢討「飼料管理法」部分條文，就邊境查驗、追溯追蹤之法源依據及提高罰則，提出修正草案，並已於10月16日經行政院院會審查通過，函送立法院審議。
專責警力負責環保及食安查緝、列入刑事績效 有關警力協助查緝部分，行政院也提出說明。在中央警察機關部分，由內政部警政署保安警察第七總隊（第三大隊）專責環保及食安查緝工作，第三大隊目前有99名警力分別派駐北、中、南三地，未來也會視需要酌予增加警力；至於地方警察機關部分，則由各地方政府警察局指派刑事警察大隊擔任窗口，規劃轄區警力全力配合稽查。從103年9月1日到10月17日止，各直轄市、縣(市)政府警察局協助衛生稽查計出動183次，警力683人，稽查取締業者248家。
江宜樺也已指示警政署，比照查緝毒品或取締酒駕的方式，研議將員警偵辦食安事件，列入刑事績效配分，進一步從制度面鼓勵員警勇於查察違法食品。
食安辦22日正式成立、檢察官進駐 總統在會中關切行政院「食安辦公室」的籌設進度，行政院提出報告說明，「食安辦公室」預計於本周三（22日）正式成立，將統籌規劃食品安全政策，統合協調各權責機關處理重大食安事件，及推動食安計畫及食品雲建置。該辦公室將置20-25名專職人員，分別從衛福部、農委會、經濟部、以及行政院相關業務處（包括消保處）等調派人力，並先由科技會報辦公室負責食品雲的小組支援5名人力。上述部分人員，已於今起進駐，展開工作，未來一周內將陸續調派及聘用具相關專長人員進駐。同時，將由高檢署也會指派檢察官進駐食安辦，以利行政部門與各地檢署的合作偵辦。 總統也對行政院能在先期即請財政部加入小組，從財稅及報關資料協助清查嫌疑廠商逃漏稅及補罰表示肯定。
方便追蹤 食品業採行電子發票
對於行政院為確保食品追溯或追蹤系統資料的正確性，規劃食品業採行電子發票，並以油脂進口商及製造商為優先對象，也請行政院積極與立法院溝通，儘速完成三讀。 總統並於會中指示穩定豬油供需，根據經濟部洽詢台灣區乳品、罐頭食品、冷凍肉類、糖果餅乾麵食及冷凍食品等工業同業公會，尚無下游廠商或會員反映豬油短缺問題，冷凍肉類工業同業公會則表示市場上豬板銷量及售價均有明顯成長，惟供應情形穩定。至於各大賣場等通路，目前均無銷售豬油，亦未接獲一般消費者詢問豬油之需求，此外，已有業者進口豬板製成小包裝豬油在門市販售，經濟部也會協調合格廠商擴大供應量。 總統府表示，馬總統對行政團隊的努力表示肯定，對各地檢署偵辦結果也表示欣慰，並樂見食品界發起自清行動。對於中、下游廠商退換貨的需求，以及消費者的權益保障，總統也請行政團隊主動予以協助，並指示「食安辦」儘速完成人力調派，開始運作。 馬英九總統認為，食安問題不僅造成產業的重大損失，更動搖民眾對食品安全的信心、影響了台灣的國際形象，對我國影響甚鉅。成立行政院食品安全辦公室，就是希望藉由跨部會的常設性編制與專責人員，有效發揮統籌、整合、協調的功能。
馬總統信心喊話 展現清倉式、地毯式查緝決心
總統表示，政府要藉此機會痛定思痛、化危機為轉機，推動前所未有的徹底改革，從源頭到通路到零售，從上游到中游到下游，全面檢視我國食品供應網，確定目標、統一步伐、分工合作、全力以赴。
總統說，這是一項長期抗戰的工作，政府有信心，以清倉式、地毯式查緝的決心，消滅所有盲點、死角、漏洞，一步步切實做好食品安全的把關工作，盡快恢復民眾的信心，現在每多做一分，都是讓未來食品安全多一分。 今日會議，出席者包括總統府五長、行政院三長、政務委員蔣丙煌，以及法務部、經濟部、衛福部、環保署、農委會、內政部、財政部等相關部會首長；國安會祕書長金溥聰，以及國安局、調查局、警政署首長等。