民主進步黨籍立委陳其邁上午在立法院內政委員會質詢時說，中國大陸國務院台灣事務辦公室副主任龔清概8月來台，在原定行程外與行政院農業委員會主委陳保基碰面，討論農產品快速通關事宜，並質疑「這不是黑箱，什麼是黑箱？」
行政院大陸委員會晚間表示，龔清概8月30日與陳保基會面的早餐會，是由農委會主動規劃，邀請大陸國台辦與國家質量監督檢驗檢疫總局官員，就如何協助台灣農產品輸銷大陸所涉快速通關、防疫檢疫等問題交換意見。
陸委會強調，「此係依既定行程辦理，並未違反龔清概等人來台之許可目的。」
陸委會指出，陳保基與龔清概在早餐會溝通台灣農產品輸銷大陸等檢驗檢疫議題，屬「海峽兩岸農產品檢疫檢驗合作協議」後續執行事項，不涉及兩岸協商，因此不存在是否有陸委會授權的問題。
陸委會說，陳保基與龔清概早餐會當天，由陸委會經濟處同仁陪同農委會相關人員在場，沒有其他部會官員與會。
陸委會表示，目前政府政策鼓勵兩岸業務主管部門人員，在符合「台灣地區與大陸地區人民關係條例」相關規定和「對等尊嚴」原則下，進行「官方對官方」交流互動。