掛牌二十三年的海基會，可謂每況愈下，功能不彰，預算卻吃很兇，說是盲腸組織並不為過，難怪遭立法院預算中心點名應檢討設置功能。
海基會草創之初，確實發揮「白手套」的職能，但那個時代已過。
馬政府既然宣稱兩岸已建立制度化協商的機制，陸委會主委與國台辦主任都能坐下來交換意見，海基會的轉型縮編、甚至存廢等問題，都該拿出來檢討。
現在的問題是，馬政府看起來對海基會「食之無味」，在兩岸正式的互動場合，海基會形同被邊緣化；但海基會的領導階層，又擺放當權派的代理人馬，看似酬庸，實際更像是為特定人來辦事、服務。
例如台灣大選一到，就出現海基會董事長以「下班、請假」等理由，向中國台商公然拉票，本該中立的角色，搖身一變成了政治大樁腳。
外界常譏稱海基會淪為「旅行社」，董事長等人經常率團到中國，美其名「參訪」，實際上拉攏人馬，吃吃喝喝，一國特使，卻是難登大雅之堂。
不過，對中國來說，有這個半官半民、不官不民的海基會來當個「組團社」，也更便利於對台灣各界接觸、甚至進行統戰。
此外，只要海基會還存在，中國對口的海協會就不會消失，中國官員就可利用海協會這假民間招牌，到台灣各地走訪。有些中共幹部甚至走得比台灣官員還要勤快，對台工作也更加徹底方便。
馬政府不願拆掉海基會這個招牌，或還為了正在商談的兩岸兩會互設辦事處一案。
然而，由海基會出面，到中國設立沒有官方身分的辦事處，北京根本不會當一回事；但中國一旦能來台灣「插旗」，就算只是叫做海協會的派駐機構，大家也知道這背後是誰；台灣的海基會雖然盲腸化，但對中國顯然更有利。