台北市教育局希望基北區能在超額比序時加入全新的「會考總積分」概念，並強調103學年高雄區也這麼做，但仍遭教育部駁回，要求重新擬定方案。教育部認為，這項方法有違相關法條之規定，僅希望各界能尊重法條之規定。
教育部表示，高級中等學校多元入學招生辦法即清楚明訂，各就學區可自行設計比序方法，但前提是符合教育部所定免試入學作業要點。而在高級中等學校多元入學招生辦法第6條中則提到應遵行事項中計分基礎之使用規定。
教育部檢視高雄區免試入學作業要點，其錄取方式及比序項目規定是：各公私立高級中等學校及其附設進修學校報名人數超過招生名額，而其所列各項比序順次均比序完後仍同分超額時，再依教育部提供之備用性質計分基準進行比序，並依該基準使用規範辦理超額比序。這項規定與高級中等學校免試入學作業要點訂定應遵行事項並無不符，教育部對各就學區亦會採取一致性之對待，凡符合法令規定者，各就學區因地制宜訂定超額比序項目方法，教育部均尊重並支持。