民進黨立委邱議瑩在立法院內政委員會拿出省府出版的「我愛國旗」表示,馬英九、行政院都宣稱台灣與中國是一國兩區的關係,教育部甚至在去年發文直指中華民國首都在南京;但「省府這本才是對的」,台灣的顏色不同於中國,台灣首都是寫台北,徹底大打馬政府一巴掌。
邱議瑩指出,此刊物另外還有一篇是介紹中華人民共和國,創立於一九四九年,「這才是所有學生應該得到的知識」,她建議省府多多印發、傳送,因為「孩子的教育不能等,這應該繼續鼓勵省政府」。
省主席林政則則答覆,這是符合現狀的描述,「若真把首都寫南京,也太遙遠了」,沒有人會這樣說,未來再版也沒必要修改。