壹週刊報導15日出刊，封面故事報導「魏家統包兩岸農產」，文中指稱，陳保基去年8月10日雖逢週六，仍到頂新位在台北101金融大樓的總部聽取魏家整合兩岸農特產品進出口，以及如何協助快速通關的業務簡報。
文中也提及農委會後來參與頂新採購雲林農產外銷大陸的工作。
陳保基近午接受電話訪問時原本表示，往後洽談公務將在農委會進行。下午出席全國優質石斑魚競賽頒獎活動時接受聯訪，做出以上表示，回應上有所改變。
陳保基表示，兩岸經濟合作架構協議（ECFA）簽署後，民國102、103年台灣農產品銷中國大陸都有顯著成長；只要企業邀約洽談有助於讓台灣農產品成功銷到全世界，他「不排除到總部、到農委會、到農場或到工廠去談，這都是我的責任。」
對於報導指稱去年陳保基到頂新總部聽取簡報的現場，出現中國大陸海協會副會長鄭立中及國民黨智庫專員謝志傳。陳保基說，「沒辦法排除。」
媒體詢問，外界質疑身為官員，不該企業邀約就赴約。陳保基說，「身為官員，不能太大官架子！像到農場、工廠或蔬果裝運廠，都能替推動農產外銷的工作加分。」
又被問及頂新若再邀約，陳保基會否再赴約？陳保基說，這是假設性問題。但他接著又說，「對農產有利，就不排除。」
由於台灣通路商不僅頂新在對岸有布局，新光三越、遠東百貨等都早有門市通路在中國大陸營運，被問及是否有受其他通路業者邀約洽談農產外銷過？例如遠百所屬遠東集團董事長徐旭東是否邀約過？陳保基說，「沒有」。
全民反頂新當下，深恐外界將他前往頂新總部聽取簡報，解讀為獨厚頂新集團。他重申，「沒有」受馬總統指示而赴約，並要「大家不要把事情聯結在一起，對於把農產銷出去，會增加不必要的困擾。」