媒體報導，海研五號因「發電機故障、船艙進水 2年來海5狀況不斷」、「出航無縫接軌
海5被操壞？」科技部國家實驗研究院發表嚴正聲明。
國研院說，海研五號自民國102年2月正式營運至今，在海上出現的一些狀況，為新機器設備操作磨合期，不應稱為「故障」，且從未發生過如報載「船艙進水」事件。
另外，海研五號102年共出海198天，103年共出海210天，在海研五號合理承受範圍內，不至於因此被「操壞」。
國研院強調，海研五號至今所有維修均屬維持船舶正常維運範圍，從未因船體機具設備出現故障而進廠維修。
國研院副院長綦振瀛受訪表示，海研五號出任務時，曾因發動機冷卻水管內有空氣，防護裝置啟動而導致3具發動機停機，短暫失去動力，但在抽完空氣後已排除狀況，順利返航，至於是否和事故有關，交給調查小組調查。