海研五號本次出海，是為了海洋大學所執行之行政院環保署委辦海域大氣粒狀污染物監測及傳輸模擬先導計畫，原訂計畫從10月9日到10月16日在北部海域進行8天作業，卻於10月10日傍晚在澎湖龍門外海發生船難，造成2人不幸罹難。
交通部航港局指出，南部航務中心派往馬公海事調查人員持續進行搜證及調查，除促請船長提送海事報告並傳詢相關船員製作海事筆錄。因VDR(voyage data recorders俗稱船舶黑盒子)可以記錄航行、機艙、安全參數及駕駛台通訊和雷達資料，AIS(Automatic Identification System)可以追蹤實際航行資料，對整個海難還原有極大幫助。
航港局已於11日上午即責成代操作裕品公司，要求安裝VDR安昌公司僱用潛水人員至沉船地點摘取送交航港局擇期交由船舶所有人、代操作公司、船長黃余發以及航港局調查相關人員進行判讀。但昨日因海氣象狀況不佳，尚無法進行摘取作業。
這次不幸船難其中一位為中研院研究員，另一名為國研院海洋科技研究中心研究人員，也是台南市善化區林姓市民。台南市長賴清德12日前往善化區林姓罹難者家中致意，並發放災害救助金，對於海研五號沉沒事件造成優秀林姓市民罹難，賴市長感到相當不捨及遺憾，除代表全體台南市民致贈慰問金，更指示相關單位提供後續協助，以減輕家屬負擔。
台南市府說，林姓市民現年30歲，是一個非常孝順的女孩，為了肩負家濟照顧父母、祖父母，每日台南、高雄兩地往返上班，是家中的經濟支柱，更是街坊鄰居眼中相當優秀的好女孩；目前船難事發原因及細節尚在調查中，賴清德極度重視，親自前往慰問家屬及表達關切，除了災害救助金的發放，也希望家屬節哀，他承諾將責請區公所、社會局等相關單位全力協助，讓家中經濟來源不至於中斷。