張善政在國研院長羅清華等人陪同下，下午前往位於台南市善化區的林怡君家中慰問家屬，並致贈慰問金。林怡君的母親很感謝科技部能給予協助，讓林怡君的遺體很快能運回台南；但也再度質疑事發當時船長的處理程序，及當時海象惡劣不應出海等問題。
張善政指出，對家屬的痛心感同身受，除了一定會有的保險金之外，科技部也會以最高標準辦理撫卹。
他說，船長是委外辦理的專業職務，不是一般的派遣工；科技部將會尊重相關單位對肇事原因的調查，如果船長有責任，科技部也不會因為是委外就予以切割、或逃避相關責任。
張善政表示，很多事情是由民間來做會做得比政府好；把船長說成派遣工，是貶低開船的專業。海研五號船長在今年夏天接任後，已出過很多次任務，具有專業的人，很快就能摸熟。不能因為這艘船不是船長自己的，就說搭這艘船不安全；就像不能說開著租來的車上路就不安全一樣。
他說，當天的海象是否適合出海，相關單位也已著手調查。但船在出海之前，都要經過多道專業判斷程序，相信當時船長與領隊不會草率做出出海決定。意外是否延誤通報，也需由海事單位調查。科技部用最客觀的角度，如果船長有責任，就承認委外的對象不好；如果沒有責任，也要還船長清白。
他說，今天分別慰問了林怡君及許世傑受難者的家屬，家屬們都要求一定要查出事情的真相；初步調查報告約在2週會出爐，不論誰對誰錯，科技部不會護短。目前先以最誠心的協助，希望減輕罹難者家屬的哀慟。