為瞭解海難發生經過，交通部航港局將深入調查重點包括：蒐集海難資料如航行紀錄器Voyage Data Recorders（VDR）、航行海圖、所有核發證書、船員旅客名單、船舶技術圖說、發航前各艙積載狀況、保險文書、出港申請文件、油料記錄、航海日誌、輪機日誌、航儀保養手冊、航行海圖、船長夜令簿、sailing order 、損害照片、救助照片等事項。
交通部航港局10月11日中午已核派調查人員即前往馬公至海難發生地展開調查，並責成代操作之裕品公司，，要求安裝VDR之安昌公司僱用潛水人員至沉船地點摘取送交航港局擇期交由船舶所有人、代操作公司、船長黃余發以及航港局調查相關人員進行判讀。
裕品公司表示「該VDR是安昌電子航儀公司安裝固定在駕駛臺，它會發出37.5KHZ訊號。」現已連絡安昌公司及潛水人員視海象狀況允許時至沉船地點摘取VDR。惟本日因海氣象狀況不佳，尚無法進行摘取作業。
交通部航港局非常關心海研5號沉沒海事案，除研擬前揭調查重點外，亦將傳詢重要幹部包括船長、輪機長、大副當值駕駛(輪機)人員，以及代操公司管理人，將於詢問後作成海事筆錄，加上船方Voyage Data Recorders（VDR），以及所蒐集有關資料，辦理海事評議。
交通部航港局南部航務中心派往馬公之海事調查人員持續進行搜證及調查，除促請船長提送海事報告並傳詢相關船員製作海事筆錄。因VDR(voyage data recorders俗稱船舶黑盒子)可以記錄航行、機艙、安全參數及駕駛台通訊和雷達資料，AIS(Automatic Identification System)可以追蹤實際航行資料，對整個海難還原有極大幫助。