行政院發言人孫立群表示，江宜樺關切海研五號事件，第一時間獲悉即責成交通部成立中央災害應變中心，進行跨部會搜救作業。
孫立群說，對於後續事故調查，江宜樺已指示交通部專案處理，以釐清事故發生的原因；對於海研五號事故受傷研究員與船員的醫療照護，則請科技部、衛生福利部協助，掌握傷者的復原狀況；對於不幸罹難受難者的家屬，也請相關部會充分協助，並主動提供應有的服務。
至於海研五號後續是否可能有漏油，造成海洋污染問題，行政院也指示環境保護署持續監控，備妥攔油索做好萬全準備，避免污染事件發生。
由於昨晚海象相當差，搜救不易，江宜樺對包括交通部、行政院海岸巡防署、國家搜救指揮中心、空中勤務總隊及國軍動員人力及機艦全力救援，有效率地將人員全數救起，表示感謝與肯定；同時，對於澎湖縣政府即時成立應變中心協助，也表達感謝之意。
孫立群說，海研五號事件後續將由交通部，持續成立緊急應變小組處理因應。