交通部於下午6時於該部航港局9樓會議室成立海難災害應變中心,由葉部長親自坐鎮指揮,行政院毛副院長於晚間8時抵達應變中心,瞭解搜救情形,隨後趕赴海巡署掌握最新搜救進度,並通知行政院災防辦、海巡署、國搜中心、國防部、衛福部、科技部及農委會等相關單位進駐,並責成交通部航港局南部航務中心、海巡署第八海巡隊及澎湖縣政府成立前進指揮所,同時請國家搜救中心協調海巡署4艘船艦及國防部2艘船艦、3架直升機前往現場救援,下午7時46分臺北任務管制中心接獲海研5號沉沒信號(應急指位無線電示標﹝EPIRB﹞傳送遇險信號)。
交通部長葉匡時11日凌晨再次招開記者會表示,確定海研5號機械故障導致觸礁沉船。有5名人員是由直升機救起,40人是由船救起。被救起的45人中確定2死,男性死者為中研院研究員許世傑,女性死者為研究人員林怡君。另18名傷病患, 5人住一般病房治療,其餘13人輕傷於急診室觀察。
科技部表示,船員家屬可與撥打0928302206與國研院海洋中心聯繫。