葉匡時在立法院交通委員會報告「交通部104年度施政計畫及預算編列」。立委葉宜津質疑交通部開放中國大陸貨輪直航通過被列為禁止水域的金門航道，嚴重危及國家安全。
葉匡時答詢時強調，此案雖經行政院相關部會及國安單位開會探討，但因事涉兩岸談判，一切仍在研擬。
葉匡時說，劉五店航台深水道問題討論已久，航道行經小金門、大二膽島，水道夠深但窄，涉及國安討論，總統馬英九、國家安全會議、國防部都有參與，國家安全絕對不會犧牲，談判利益也會力求對等。
航港局長祁文中表示，國際海洋公約規範他國船隻有權無害通過地主國領海，兩岸船舶則是依「台灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法」，劉五店航道須符相關合法令規定，目前修正案正由行政院政務委員協處。
祁文中說，在確認無國安疑慮、法源依據前提下，未來船舶從劉五店港航行來台，將採24小時預先申報制。