壹週刊報導中指出，有民眾投訴指稱，南鯤鯓代天府宣稱凌霄寶殿的黃金玉旨牌共使用黃金1萬800兩，但依施工計畫書的載明，只用了2000兩，質疑有8000多兩黃金去向不明。
南鯤鯓代天府管理委員會總幹事侯賢遜表示，廟方從民國93年9月12日起至103年10月8日，共發起2期捐獻活動。第1期每兩添油香錢新台幣1萬6000元，第2期每兩添油香錢3萬2000元，總計換算收到信徒捐獻黃金3341兩。
侯賢遜指出，信眾捐獻的每筆油香錢，廟方都開立感謝狀致謝，捐款1萬6000元以上信徒，也鐫刻芳名於凌霄寶殿碑林。黃金玉旨牌1萬800兩不足的部分，是南鯤鯓代天府百年來累積信徒捐獻黃金金牌加入而成。
侯賢遜指出，對媒體未經詳細查證就報導感到遺憾。「舉頭三尺有神明」，信眾捐獻感謝神明庇佑，廟方一定會開立收據；用途也要請示神明，不能亂花錢。