台北國稅局在10月3日發公文給多個曾邀請柯文哲演講的單位，要求在10月9日前提供資料，說明2011年到2013年有無邀請柯文哲演講、給付報酬或捐款給台大醫院等，遭外界質疑是國民黨動用國家機器介入選舉。
連勝文今天出席「2014世界和平大會」，受訪時表示，「明明是他們（柯營）做錯事，還要扭曲成國民黨迫害他們」，連勝文說，為了避免被別人惡意扭曲，呼籲行政機關、司法機關，務必遵守依法行政原則，就不怕人家質疑。
媒體詢問，只有柯文哲被查稅合理嗎？連勝文表示，只要依法行政、按照法律規定作為，這樣就不會被人家質疑有灰色空間。他強調「明明是他（柯文哲）做錯事，卻變成國民黨迫害他」，希望避免這種情形發生，最好的做法就是依法行政。
至於連勝文會不會擔心自己也被查？連勝文回應，他沒有做錯什麼事，不像柯文哲，完全不用擔心。