打柯第一步棋
被柯文哲說國家瘋了的教授研究費案，國家瘋狂打擊的其實並不是特別針對柯文哲一個人。甚至也難說是什麼政治介入司法的追殺，大體上可以說是苛吏黃世銘領導之下的檢察官集體紅衛兵化現象。
教授研究費案風波中有700名接國科會研究案的教授涉案，由於在各種研究案中，能接國科會案的一般都是學術上比較受到肯定的教授。—例如，因此涉案的，台大佔了200名—這些教授中難免有私吞研究費的，但是一般都屬於為了應付國科會官員設計的窒礙難行的報銷制度在發票上便應行事而已，不料檢察官一律以最輕7年以上的貪污重罪侍侯。所以這作法等於幾乎把台灣比較好的、認真做研究的教授一網打盡，水準比較沒有那麼整齊的請不到國科會案的反而沒事，這樣的司法正義真是稀奇，但是檢察官充分運用了操作媒體的「政治性」技巧，檢察官的作法是得到民粹支持的。只是這把國科會教育部都嚇壞了，而在判決時，法官有的更改適用法條有的判無罪，亂成一團，但檢察官集體堅持成見，繼續偵辦、起訴、上訴，而且施展「政治性」手腕，開始挑幾位自恃學術上有比較有聲望的「不聽話」教授先下手以立威。柯文哲被檢察官追殺到掉淚，他說檢察官全面追殺教授是「這個國家瘋了」。不過，這時間的追殺基本上沒什麼藍綠色彩。
且簡單回顧過程：
2011/11中研院生醫所主任蕭雅文涉透過文具業者，以不實發票核銷國科會補助款，廉政署查出業者設有密帳，調查局以「靖學專案」擴大偵辦。
2012/06檢察官總長黃世銘找來台高檢及台北、台南等三地檢署檢察長、承辦檢察官討論決定從嚴全面廣泛偵辦起訴。
彰化地檢署起訴15名涉案教授依貪污罪。
2013/01彰化地檢署的起訴震撼學界，國科會主委朱敬一、中研院院長翁啟惠、教長蔣偉寧聯合發表聲明，認為大多數教授用不實發票所挪款項，用於公務，盼不要依貪污罪偵辦。檢調不為所動。
2013/01調查局查出全台約700名教授涉案。
2013/04中正化工系教授林昭任被控以不實發票報帳貪污200萬元，二審判5年，但最高法院認為不該用貪污罪，發回更審。
2013立法院通過「會計法」修法予以除罪化，但是一方面因條文用字擺烏龍，一方面把顏清標納入輿論譁然，再一方面民眾多數支持黃世銘領導的檢察體系，修法被覆議而失效。
2014/06為統一見解，最高法院刑庭作了兩點決議，1，教授非授權公務員，不適用貪污罪；2，公立大學教授受政府或公立研究機關委託執行科研計畫，於辦理相關採購事務，若有違背相關監督、管理之規定而營私或舞弊情事者，應回歸普通刑法予以評價或處罰。
這個統一見解，既排除了貪污罪的適用；同時也把不符規定但是仍屬「公用」，並未挪為私用得行為除罪化，只有符合營私或舞弊的條件才要法辦。
檢察總長顏大和表示，最高法院刑事庭會議結論正式出來後，會將結論轉知給相關的檢察機關，作為辦案的參考。
從此，檢察官的偵辦起訴動作暫告一個段落，未挪研究費為私用的教授們鬆了一口氣；但是這一個過程逼出了一個素人柯文哲決定參選台北市長，最後還造成藍軍將把首都拱手讓人的局面，這就完全是眾人意料之外的了。
其實，一開始，藍綠雙方絕大多數認定台北市民在選舉時，最後投票將全分別向藍綠歸隊，所以都不認為柯文哲有什麼機會。藍營甚至評估柯參選反而對自己有利，因為台北市基本盤本來就藍大於綠了，還跑出一個中間偏綠的柯文哲只會對藍更有利。
打柯第二步棋
沒有想到，柯文哲參選後，聲勢一路上揚，支持者橫跨藍綠和中間。於是藍色的第二步棋先由羅淑蕾領軍強攻MG149，再由馬總統接手全面動員行政體系，佈下天羅地網，從法務部、審計部、教育部、國科會、廉政署到立法院全部動起來，急如星火，全面追查柯文哲，細緻到包括柯文到各機關演講的單據都限定10月9日向國稅局提相關資料。最神奇的是先叫審計長到立法院痛罵「混吃等死」，再由江宜樺讓自己屬下台大醫學院院長到立法院接受國民黨PK小組的羞辱圍毆，以便在文官體系中立下國民黨的軍威，以便進行追擊。這一步棋如今正在雷厲風行之中。大概馬政權以為成績斐然，在江宜樺的晚宴已經慶了功了。
打柯第三步棋
就在第二步雷厲風行的同時。第三步棋看來也已經布署完畢隨時啓動。第二步棋鎖定MG149；第三步棋則是神奇地回到教授研究費案。而這一步中PK部隊主力看來正是檢察體系。
最高法院刑庭的決議教授非授權公務員，不適用貪污罪，這一個統一見解檢察官不敢硬碰硬；但是「公立大學教授受政府或公立研究機關委託執行科研計畫，於辦理相關採購事務，若有違背相關監督、管理之規定而營私或舞弊情事者，應回歸普通刑法予以評價或處罰。」這半句檢察體系認為有曲解的空間。
2014/10，就在總統下令成立PK小組消息傳出來的前一天，檢察總長顏大和與偵辦相關的檢察長開會最高檢察署召開專案會議，訂出結案參考標準。檢察總長顏大和說，研究案這類情形下的公立大學教授不具刑法公務員身分，不構成貪污，改依詐欺、偽造文書、商業會計法等罪究辦。
於是，最高法院刑庭決議的是，教授研究費案既要「違背相關監督、管理之規定」也同時要「營私或舞弊情事者」才應回歸普通刑法予以評價或處罰。換句話說說經費公用不罰，私用才罰，被曲解成只要「違背相關監督、管理之規定」就等是營私或舞弊情事者」都要處罰。最高刑庭的決議，在文法上很清楚後半句是用來限縮前半句的處罰範圍，現在卻被曲解成後半句和前半句是同意語或者是完整的解釋。
顯然檢察首長也知道這曲解太勉強，於是故做大方說「原則上只要承認犯罪、繳回犯罪所得，就有緩起訴機會」。這太惡劣了，等於說我縱使關不了你也非叫你到面前認罪羞辱一番不可。
且不說這是不是就是可以達到把作風硬的，死不認罪如柯文哲這樣的教授捉去關的問題；且試想，把幾百位台灣學術地位排在前頭的一個個教授叫到自己前面認罪這樣社會大眾就知道檢察官官威大了嗎？便很神氣嗎？心態實在太扭曲了！
陣仗擺到這程度簡直要進行一場原子彈、氫彈、大炮、大刀、扁鑽丶沙魚劍全部總動員，發動國家總體戰爭去打一隻小螞蟻了，真是人類歷史獨一無二的奇蹟。
假使財政部或檢察官，這麽認真地發揮疾惡如仇的正義感，對所謂「例行」，所謂「有人檢舉」，所謂「有蛛絲馬跡」，的柯文哲非追查一張一、兩千元的演講憑證不可；那麼連家數百億來源不明又不繳一毛遺產稅的事縱使都已經過去了，現在連勝文設立禿鷹基金的對沖基金，然後一再為股票站台，股價暴起暴落，股民損失數的億計，他的財產增加也數以億計，不涉及違背證交法、所得不申報不實、漏稅嗎？豈不是也都有人揭露檢舉，而且都有股價大起大落、站台等等事實，並非「蛛絲馬跡」而已，為什麼不查。
在進行打柯的第一步棋時，柯文哲說這個國家瘋了，跟現在的情形相比，那時瘋的程度還真只是小兒科。幸好國家其實並沒瘋，因為國家不是馬總統一個人的，也不是國民黨的一個黨的； 否認柯文哲的民調就不會從落後而領先，而且此後一直維持住領先。這個國家畢竟沒有整個跟著瘋，這個國家是有希望的。