經濟部表示，未登記工廠如屬97年3月14日前已存在的低污染工廠，可依法在104年6月2日前向工廠所在地之縣市政府提出申請，並在符合環保、消防、水利、水土保持等公共安全，食品廠則除上述條件外，須完成食品安全衛生及食品設廠標準規範之前提下，繳交登記回饋金，補辦臨時工廠登記，不受都市計畫法、區域計畫法、建築法限制及法令裁罰。
經濟部強調，未登記工廠業者切勿心存僥倖，請儘速洽詢縣市政府工業單位，或與該部「未登記工廠輔導服務團」(0800-288-019專線或02-26982989分機2751黃小姐)聯繫，亦可瀏覽經濟部中部辦公室網頁（http://www.cto.moea.gov.tw/main.asp）查詢未登記工廠輔導相關訊息。