初審條文將軍事及警察學校納入學生輔導法規定。未來各級主管機關應指定學生輔導專責單位或專責人員，辦理學生輔導工作。高中以下學校主管機關應設置學生輔導諮商中心，提供學生心理評估、支援學校輔導嚴重適應困難及行為偏差學生。
關於各校專任輔導教師員額編制，行政院草案原本規定，國小24班以上者設1人。但朝野立委都擔憂，班級數在24班以下的國小很多，這會造成7成以上小學沒輔導老師。
中國國民黨籍立法委員楊玉欣說，花蓮102所國小中，只有4所國小班級數達24班。民主進步黨籍立委鄭麗君則說，許多偏鄉學校學生面臨隔代教養等問題，更需要專責輔導教師協助。
委員會最後通過初審條文規定，國小24班以下者置1人、25班以上每24班置1人；國中15班以下者置1人，16班以上每15班置1人；高中12班以下者置1人，13班以上每12班置1人。確保三級學校都至少有1名專任輔導老師。
初審條文規定，學校應視學生身心狀況及需求，從初級到三級預防工作，提供發展性、介入性或處遇性三級輔導。發展性輔導為初級預防工作，須以全校或班級學生為對象，擬訂學校輔導工作計畫；介入性輔導為次級預防工作，針對經發展性輔導仍無法有效滿足需求等為對象。
處遇性輔導是三級預防工作，經前兩種輔導仍無法有效協助，或嚴重適應困難、行為偏差，或有重大違規行為等學生，經審慎評估須轉介到其他專業機構接受各類專業服務者。
因應少子化趨勢，學校班級數可能減少。初審條文規定，有關專任輔導教師及專任專業輔導人員配置規定，從中華民國106年8月1日起逐年增加，並自106年起，由中央主管機關每5年進行檢討。