行政院版農田水利會組織通則修正草案，新增農田水利會會長或會務委員於任期內有關停職、停權、復職或復權的要件及處理程序等。
行政院農業委員會表示，農田水利會會長及會務委員考核獎懲辦法當中，雖然有停職、停權規定，但放在辦法不符一般法律要件，應該拿到法律位階；且農田水利會是公法人，因此比照地方制度法精神，將停職、停權規定從辦法提升到法律。
民主進步黨籍立法委員林岱樺表示，將辦法提升到法律，並沒有必然性；且農田水利會雖是公法人，但任用人員不是公務人員，獎懲為何要比照公務人員，她主張維持原條文。
民進黨籍立委尤美女、邱志偉則認為，農田水利會選舉才剛結束，修法施行應該不要溯及既往。農委會也同意以不溯及既往為原則。
由於討論沒有共識，司法及法制委員會召集委員、中國國民黨籍立委廖正井宣布完成初審，但保留條文送朝野協商。