2011年2月9日邱文達接掌衛生署（現組織改制衛生福利部），他形容從台北醫學大學校長轉換跑道，是趟「奇異的冒險旅程」，如今從結果來看，卻是「意外不斷的旅程」。
由於前署長楊志良全力衝刺健保改革，邱文達原本認為，他接手的任務就是完成長期照護服務法、長期照護保險法的法案架構，連同二代健保、國民年金，建構社會安全網，打造老有所終的安養環境，讓自己在台灣公共社福史留下一筆。
不過，3年8個月的任期，食品安全事件一次又一次引發風暴，邱文達頻頻滅火，未能如願促使長照雙法立法，卻是被迫一再從嚴修訂食品安全衛生管理法。
邱文達擁有神經醫學及公共衛生兩個博士，獲得醫療奉獻獎及美國公共衛生協會的「大衛瑞爾公共衛生倡議獎」，外號「安全帽署長」，彰顯他在騎乘機車強制戴安全帽，為交通安全倡議的貢獻；然而，食安事件連環爆，卻讓邱文達處理得跌跌撞撞。
邱文達歷經開放含瘦肉精的美國牛肉進口、塑化劑污染食品、順丁烯二酸酐化製澱粉、銅葉綠素混油到這次的劣質豬油等重大食品風險事件，還有夜市醬油不合格、米粉不含米、麵包號稱天然卻含人工香精、韓國進口泡麵調味包含致癌物苯駢芘等事件，都讓消費者不安。
邱文達上任之初，爆發衛生署醫院爆發集體採購收賄弊案，他整頓署立醫院尚能游刃有餘，卻在食安事件捉襟見肘，而且常常消失在新聞媒體面前，被人批評「神隱」，與前署長楊志良為二代健保修法親上火線，作風迥異。
這與行事風格有關，由幾件事可見一端，邱文達被立法委員質詢健保業務時，往往請健保署長回答，很少自行發言，在遇到不熟悉的業務時，為求謹慎，他就變成了遞麥克風的人。
他曾告訴記者，擔心發言被誤解，所以很怕跟媒體打交道，私底下的他比較喜歡當面溝通，所以花了很多時間拜會業務相關人士，勤走業務單位，在衛福部組織改造後，更走訪養護機構、社福團體聽取基層意見，每天行程都很滿檔。
在衛福部同仁眼中，邱文達是個「工作狂」，晚間6、7時開會是家常便飯，假日加班稀鬆平常，最近在餿油事件發展到本土、進口劣質豬油進入食物鏈，部長辦公室往往晚間11時仍燈火通明，這麼忙這麼累，還是滅不了火，還愈燒愈旺，引發民眾不安，只能負起政治責任，留下未能實現的長照藍圖。