64歲的邱文達在2011年2月出任衛生署長，2013年7月23日衛生署組織改制衛生福利部揭牌，成為首任部長。
邱文達任內經歷5大食安事件，前4次是2011年5月的塑化劑污染食品、2012年4到7月開放含瘦肉精美牛進口、2013年5月的順丁烯二酸酐化製澱粉、2014年10月的銅葉綠素混油事件。
這些事件共促成「食品衛生管理法」在2011年6月、2012年8月、2013年6月、2014年2月的4度修法並改名為「食品安全衛生管理法」，從嚴重懲食安違法，內容包括加重違法刑責、提高罰鍰及檢舉獎金、強化源頭追蹤溯源、第三方驗證把關、建立食安基金等。
第5次也是此次今年9月的劣質豬油事件，邱文達負起政治責任，行政院也決定第5次修法，提出8大方面，提高刑度與罰金，雖然修法雖不溯既往，但是解決對法人「一事不二罰」；不會再出現大統混油處以刑法罰金，導致行政罰鍰新台幣18.5億元被撤銷情事，符合社會期待。