現行產業創新條例第10條提供公司研發投資抵減，但自施行以來，產業界常反映對無營業獲利的公司，研發支出無法在當年度抵減，降低獎勵美意。
因此，草案修正公司研究發展投資抵減年限及抵減率規定，公司得就現行規定或抵減年限延長至3年且抵減率調降至10%，兩者擇一適用。
為強化國內公司留才攬才，協助公司引進外部新技術提升競爭力，草案增訂個人或營利事業以其所有的專利權或專門技術讓與公司，或授權公司使用，以其所有的專利權或專門技術抵繳股款，得選擇全數延緩至認股年度次年起的第5年課徵所得稅。
草案也增訂員工分紅入股、員工現金增資認股、買回庫藏股發放員工、員工認股權憑證及限制員工權利新股等五大員工獎酬工具，得選擇延緩至取得年度次年起的第5年課徵所得稅。
為兼顧租稅制度的完整，草案明訂公司個別員工每人每年適用緩繳股份的金額以新台幣500萬元為上限，以提供適度合理的留才誘因。
至於所稱公司員工，草案規定不包括公司兼任經理人職務的董事長及董事。
經濟部長杜紫軍在行政院會後記者會說，稅課調整方式對稅收沒有減少，緩課會有繳稅延後情形，利息會減少，但因為會有新的企業成立，所以對稅收的影響不是非常大。
行政院長江宜樺則在行政院會表示，國際上產業競爭及人才競逐日趨劇烈，如何透過政府政策鼓勵業者持續投入研發創新，並協助企業留住優秀人才，是政府當前施政重要工作。
他表示，未來立法院審議產業創新條例部分條文修正草案期間，請經濟部及財政部加強對立法委員溝通說明，力求法案順利通過；法案正式施行後，請經濟部加強對外界宣導，避免未依限或未據實申報而觸犯罰責。