行政院訴願審議委員會9月10日針對李朝卿申請復職訴願案，作出撤銷內政部4月22日不同意李朝卿復職的處分，要內政部在2個月內對李朝卿案再另做處分。
內政部晚間表示，審慎研議行政院訴願會的訴願決定理由後，認為行政院訴願會撤銷內政部先前處分的主因，是請內政部再進一步查明原來准駁復職的裁量事實基礎是否已有變更後，再重作決定。
因此，內政部說，經去函台灣南投地方法院瞭解案件的最新審理情形，南投地院回函目前法院審理並未終結，尚在審理程序中，相關事證也未明確，有持續審理的必要。
內政部表示，考量本案因有相關涉案縣府公務員原所做的指證、自白等，如准李朝卿復職，仍有影響涉案縣府公務員在後續法院審理時陳述或態度的可能，且後續也無排除將再傳喚人證進行詰問的可能，所以依現況判斷，李朝卿案原裁量基礎至今並沒有改變。
內政部說，經重新審視法律適用的妥適性、案件事實基礎及李朝卿陳述意見理由，綜合考量各項停職因素迄今仍然存在，原停職的相關原因事實沒有改變，因此，決定再次不同意李朝卿復職申請。
內政部並說，依照行政院的訴願決定理由，基本上肯定認同內政部引用公務員懲戒法將民選縣長停職，且公務員懲戒法也較地方制度法的相關規定嚴謹，因此，仍維持以公務員懲戒法作為李朝卿案處分依據。