南投縣長李朝卿在2012年11月因涉嫌收取工程回扣，遭檢方以貪污罪起訴，並遭內政部停職，他2度向內政部申請復職都被駁回，因此向行政院提出訴願。行政院訴願會認為李朝卿涉貪案從地檢署起訴至今，法院已審理1年多，針對原本准駁復職的裁量事實基礎是否已有變更，有進一步查明、了解的必要，因此日前撤銷內政部原來的決定，並要求內政部在2個月內查明後，重做處分。
內政部30日晚間指出，內政部日前已去函南投地方法院，了解李朝卿所涉貪汙案件的最新審理情形，南投地院回函表示目前仍在審理中，相關事證尚未明確，有持續審理的必要。
內政部表示，考量縣府公務員在調查過程中對李朝卿有諸多指控及自白，若現在准許李朝卿復職，恐會影響涉案公務員在法院後續審理時對案件的陳述與態度，且之後仍有可能再傳喚相關人證，依現況判斷，此案的裁量基礎至今並未改變，因此仍決定駁回李朝卿的復職申請。內政部民政司副司長黃正雄說：『(原音)我們經過審視之後，法律適用的妥適性、案件事實的基礎還有李朝卿縣長陳述意見理由以後，我們綜合考量停職原因到現今還是存在，所以原來停職的事實沒有改變，所以我們這次還是再次否准李朝卿縣長復職的決定。』
內政部當初是依「公務員懲戒法」將李朝卿移交監察院調查，並予以停職。內政部表示，行政院訴願會認同內政部引用「公務員懲戒法」將民選縣長停職。
內政部強調，「公務員懲戒法」較「地方制度法」嚴謹，深具整飭官箴性質，因此，在通盤衡酌此案情節及彰顯政府打擊貪腐決心等行政目的後，仍維持以「公務員懲戒法」做為此案的處分依據。