香港占中行動延燒，外界關切是否會影響兩岸洽簽協議的氣氛，杜紫軍受訪時指出，「目前還沒有任何訊息會影響到」，包括經貿往來部分。
杜紫軍表示，台灣與中國大陸協商、合作與溝通，與香港本來就是兩條不同的線在進行，例如由陸委會負責的台港經濟文化合作策進會，此外現行法律規定也相當清楚，「中國大陸跟港澳本來就分開的」。
香港占中行動，部分人士高呼「今日香港，明日台灣」，藉以顯示台、港關係密切，不過杜紫軍則有不同的看法。
杜紫軍指出，台灣跟香港完全不一樣，「大家把它太簡化了」，香港爭取的是普選與民主，而台灣本來就是普選與民主，「我們早就是這樣子」。
杜紫軍表示，總統馬英九也講過，中華民國已經獨立103年，根本不需要再談獨立的問題，因為中華民國本來就是獨立主權國家。
對於香港爭取普選及民主，杜紫軍強調，那些對台灣而言都不是問題，因為台灣本來跟香港不一樣，但他還是支持香港爭取應該要有的民主。