國安會對此回應表示，尊重立法委員行使職權的權利，但有關金溥聰到立法院備詢的要求，國安會指出，根據憲政體制及過去慣例，國安會是幕僚機關，國安會祕書長只在立法院審查該會預算案及法律案時，才會前往立法院針對預算案及法律案進行說明。
國安會指出，金溥聰上任後依過去慣例，由國安局安排、國安局局長陪同下，前往國家安全相關情治機關聽取國家安全相關事務簡報，並無違憲濫權；但部分人士對此仍有誤解，國安會表示遺憾。
此外，民進黨立委認為金溥聰介入陸委會前副主委張顯耀案，國安會則回應說，陸委會主委王郁琦已多次公開聲明此案相關處理過程，部分人士未經查證，一再引述錯誤訊息妄加批評，國安會也深表遺憾。