財團法人消費者文教基金會召開記者會指出，2013年二代健保正式上路，依新修定的健保法，政府每年應負擔保險經費扣除法定收入後金額的36%，但啟動第一年因行政院主計總處和衛福部中央健康保險署引用不同計算方式，導致得出的金額短少新台幣158.36億元，
消基會表示，如照主計處版本，今年1到5月政府應負擔少了128億元，估全年少了250億元，差額等同都要由民眾負擔，甚至政府負擔可能低於二代健保上路前的34%比例。
消基會呼籲，政府「不應與民爭利」，必須足額負擔36%的保險經費，否則將有可能增加付費者（被保險人＋雇主）面臨保費上漲的風險。
主計總處官員表示，有關安全準備金數額，主計總處預算是以「支出」編列，但先前健保署是以「收入跟支出一定平衡」的觀念，用「收入」反推，以致會有落差。
也就是說，健保署之前依據的是健保法第76條「安全準備之來源」第1項明定，「本保險每年度收支之結餘。」以致將年度保險收支的結餘全數提列為安全準備。
主計總處則認為，安全準備金數額應依健保法第78條「保險安全準備總額，以相當於最近精算一個月至三個月之保險給付支出」處理。
官員指出，目前行政單位的計算方法「應該是統一」，沒有不同。