近期政府與中國大陸的貿易談判持續進行。陳保基會前接受聯訪指出，會顧及對台灣有利的立場，不會影響到台灣的農業發展，但要對台灣朝向貿易自由化運作有幫助。
他進一步說，關於台灣對中國大陸限制830項農產進口的現況，至今沒要開放任何項目；現在對大陸的開放比世貿組織（TWO）規範的「小很多」、「非常緊縮的開放」、「還是維持這樣」。
但他也說，如果是台灣需要的項目，例如高接梨穗就辦理過專案進口；且台灣對大陸農產品外銷方面，去年開始順差了，變成我們輸出的第一大國；兩岸在談判過程當中，當然要各取所需。
被問及是否用農產品開放進口交換其他經貿需求？例如面板外銷。陳保基否認，他說，「沒有，談判是整體的，沒有用什麼交換什麼。」