「全額自付」尚待協商
衛福部官員評估，以在台就讀正式學位的五千多位中生人數估算，一旦修法通過，中生比照外籍生的納保規定，政府要補助中生四十％的健保保費，一年約須三千五百多萬元；另依據健保署資料統計，健保可能要多負擔醫療支出約二千三百萬至三千六百萬元不等。亦即中生納入健保後，我國庫一年恐須多支出六至七千萬元。
健保署表示，中生若納入健保，將比照現行外籍生辦法，只要外國學生在台居住滿六個月，取得居留證後，即可比照失業者、以第六類人口加入健保。但對象僅限於就讀大學、研究所等正式學程的學生。
比照外籍生 政府月補助五百
衛生福利部社會保險司副司長楊慧芬說，陸生若比照外籍生身分投保，每人每月保費一二四九元，由政府補助四成、每月五百元，另須自付六成、每月七四九元。她表示，依教育部統計在台陸生五千九百八十一人計算，政府每年大約補助三千五百多萬元，陸生自付五千三百萬元 。
現行全民健保法第九條規定，在台灣「居留」滿六個月才能納入健保，而兩岸條例第廿二條規定，中生來台屬於「停留」性質，不符健保的納保規定。因此行政院和國民黨立委吳育昇都提出兩岸條例修正草案，將「停留」改為「居留」，讓中生符合健保法的納保規定。
初審通過條文明定，大陸地區人民經許可得來台就學，其適用對象、申請程序、許可條件、居留期間、撤銷或廢止許可事由及其他應遵行事項辦法，由教育部會同內政部擬定，報請行政院核定。
民進黨團主張中生保費應全額自付。因此，若修法通過，中生是否可以比照外籍生以第六類被保險人加保，自負額六成、政府補助四成 ，仍有爭議。
聯席會也通過民進黨立委所提三項附帶決議，包括保費全額自付，且應在全民健康保險法配套修正，並通盤檢討現行各項補助後才能施行。
民進黨立委段宜康問，若已納入健保的中生在中國受傷、在中國就醫，是否可向台灣健保申請給付？楊慧芬表示，符合緊急傷病法就可以。段表示，這點台灣人民無法接受。