九九峰經15年來積極管理維護下，崩塌地植生已恢復青翠蓊鬱的景象，監測調查結果顯示：區內哺乳類野生動物有21種，鳥類108種，野生維管束植物331種，其中有台灣特有種動、植物及保育類動物，如石虎、台灣野山羊（長鬃山羊）、食蟹獴等。
植物方面，該區特有種九九峰秋海棠及稀有植物如台灣梭欏木、秀柱花、紫花脈葉蘭等。另台灣野山羊經拍攝顯示，數量有逐漸增加的趨勢，且日、夜均有活動跡象，原本大多出現在中海拔山區原始林內的台灣野山羊，在九九峰獲得庇護，而其他野生動物拍攝數量則呈穩定現象，在在顯示九九峰，已成為中部低海拔地區野生動物的綠洲。
南投林區管理處處長張岱表示，九九峰自然保留區屬低海拔山區，週邊農路環繞，人為活動及農耕行為等干擾，惟有加強區內林班巡護、棲地保育，增加生態系多樣性，積極投入周邊社區林業計畫之推廣，宣導民眾進入自然保留區需向該處提出申請，並禁止在自然保留區內開發及破壞行為等相關規定，日後配合地方產業及社區整體營造，增加與在地居民的互動，以深耕自然地景及生物多樣性保育觀念。（攝影／范綱武）
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