交通部航港局已依規定完成跨部會聯合審查，將依決議邀集國防部、國家安全局、內政部、科技部、國家通訊傳播委員會、行政院海岸巡防署、經濟部能源局、交通部運輸研究所港灣研究中心、中國驗船中心、船舶暨海洋產業研發中心、國家實驗研究院等單位召開勘查工作小組會議，就工作船依公約規定應具備之功能、本案工作船攜帶之海測儀器是否涉國安疑慮及相關檢查機制進行討論，澄清後並於工作船抵臺中港後由勘查工作小組登船勘查，確認無妨礙國安之設備後，始同意該工作船由國籍拖船拖往彰化外海施工，航行及作業中另由相關機關派員駐船監督。
透過政府跨部會合作共同建立事前預防、事中監督等防範機制，確保大陸籍工作船於施工期間，僅能從事符合申請目的之施工，以確保國安無虞。