劣油事件發生後，嘉義縣政府聯合稽查小組於9日曾會同警調前往六腳鄉追查這家物料公司油品流向，業者蔡姓男子不太配合，當天拒絕提供上下游業者名單，縣府於隔天函文，要求3日內提供，且懷疑有隱匿流向的可能，同時行文嘉義地檢署介入調查，檢方今天執行搜索。
嘉義縣政府表示，這家物料公司原本是地下工廠，經輔導領有臨時工廠登記證，原本期限到民國106年，今年初又申請展延至109年獲准，不過，在一處鍋爐發現新建鐵皮屋，屬於農田違規使用部分，地政處將依區域計畫法先裁罰新台幣6萬元。
縣府指出，10日稽查時，環保局在現場發現2座未提列於操作許可證的蒸氣鍋爐，涉違反空氣污染防制法，將先依法裁處10萬元。
另外，這家物料公司於99年的2、3月間，曾因附近排水溝疑有油性廢水殘留，散發陣陣臭味，以及儲油場傳出異味，遭民眾檢舉，當時環保局就派員現勘，並要求業者改善。
檢警上午前往執行搜索時，發現榨油的機械設備幾乎停擺，且廠房乾淨，可能有一段時間沒有動工。