金融監督管理委員會表示，過去金融機構、周邊團體簽署合作協議、意向書、備忘錄或其他書面文件時，應先通過董監事會議，再送金管會備查，若15日內金管會未有意見，視為同意備查。金管會備查後，金融機構再與陸方簽署協議，並將協議影本函送金管會。
不過隨著兩岸往來愈趨頻繁，金管會簡便程序，未來於簽署前提報董事會討論通過，事前不用再報金管會備查，相關合作事項或實際業務協議執行所涉分層負責、法令遵循、資訊安控、風險管理等，應納入各金融機構的內控制度，由金融機構自律管理。
另依「台灣地區與大陸地區人民關係條例」第33條之1第2項規定，如依現行法令規定須將預算、決算報告報本會者，應將合作協議向本會申報。